以茜草科(Rubiaceae)植物茜草(Rubia cordifolia L.)为研究对象，采用Illumination高通量测序技术对其叶绿体全基因组进行测序，并运用MAGA11等生信学工具进行全基因组解析及系统发育分析。结果表明，(1)茜草叶绿体基因组呈典型的四分环状结构，总GC含量37.2%,长153 959 bp,其中包含大单拷贝(LSC)区83 844 bp、小单拷贝(SSC)区17 083 bp和2个反向重复(IR)区26 516 bp;共注释得到124个基因，包括79个蛋白质编码基因、37个tRNA和8个rRNA。(2)序列共鉴定到169个SSR位点，以A、T组成为主，包括129个单核苷酸、18个双核苷酸、11个三核苷酸、9个四核苷酸和2个五核苷酸，六核苷酸SSR未检测到；边界分析显示，茜草叶绿体基因组LSC区差异性最大，变异程度最高，而IRa区则差异性最小，最为保守。(3)最大似然法(ML)构建系统发育树显示，样品茜草与同属植物Rubia horrida以100%支持率聚为一类，茜草亚科、仙丹花亚科与金鸡纳亚科聚为姐妹类群，证明茜草科植物在进化过程中保守发育。